El trabajo de la Federación Española de Enfermedades Raras (FEDER) se ve recompensado, en primer lugar, por la certeza de saber que nuestros esfuerzos y el de ciento de voluntarios, asociaciones, fundaciones y entidades colaboradoras, consiguen día a día: mejorar la vida de las personas con enfermedades poco frecuentes.

A todo ello se añade, como una confirmación que alienta a seguir trabajando aún más, los premios y reconocimiento que FEDER ha tenido el honor de recoger en estos años.

• Premio Adalid de La Paz a FEDER Extremadura (2013) por el Ayuntamiento de La Albufera
• Premio "Institucional 2013" por la Asociación Española de Mastocitosis (2013)
• Premio Humanidad a FEDER Extremadura por la  Cruz Roja (2012)
• Premio al Apoyo Psicológico Online por la Fundación Pfizer (2012)
• Premio "Una Sonrisa para Aitana" (2012) 
• III Premio a la mejor organización de apoyo al paciente por la Fundación Tecnología y Salud (2012)
• Premio ABC Salud a la Organización de Pacientes del año (2011)
• Mención honorífica al Compromiso social a la Delegación de FEDER Comunidad Valenciana por la Generalitat Valenciana (2010) 
• Medalla de Oro por el Colegio Oficial de Farmacéuticos de Granada en reconocimiento a la labor social que junto con el Colegio Oficial de Farmacéuticos de Sevilla vienen desarrollando en la organización del Congreso Internacional de Medicamentos Huérfanos y Enfermedades Raras (2010)
• Premio al Comportamiento humano por la Asociación Española de Palabra Culta y Buenas Costumbres (2010)
• Entidad declarada de Utilidad Pública por el Ministerio del Interior (2010)
• Premio a la Guía de Apoyo Psicológico como una de las mejores iniciativas de la farmacia del año en el apartado de Atención Farmacéutica y Atención Sanitaria por Correo Farmacéutico (2009)
• Premio a la Fundación FEDER por su Compromiso con la Investigación por la Fundación Farmaindustria (2009)
• Mejor web “Los Favoritos en la Red en el Ámbito Sanitario” por Correo Farmacéutico y Diario Médico (2009)
• Diploma de Honor por la Federación de Asociaciones de Espina Bífida e Hidrocefalia (FEBHI) (2009)
• Premio a la Mejor Iniciativa al Servicio al Paciente por Fundación Farmaindustria (2008)
• Premio a la mejor campaña socio sanitaria por Correo Farmacéutico (2007)
• Medalla de Oro a la Labor 2007, por Cruz Roja Española
• Reconocimiento a la labor solidaria, por Farmacéuticos Sin Fronteras de España (2005)
• Reconocimiento como Entidad de Utilidad Pública, por el Ayuntamiento de Madrid (2005)
• Mención honorífica al Compromiso social a la Delegación de FEDER Comunidad Valenciana por la Generalitat Valenciana (2010)